Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair berada di bawah naungan Yayasan Mus'ab bin Umair, yang didirikan pada tanggal 19 Oktober 2010 berdasarkan Akta Notaris Juliansyah Nomor 76 Tahun 2010. Kehadiran pondok pesantren ini merupakan wujud nyata kepedulian para tokoh masyarakat, pendidik, dan pengurus yayasan terhadap keberlangsungan pendidikan Islam yang berkualitas di wilayah Kalimantan Timur.
Cikal bakal Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair bermula dari berdirinya Madrasah Tsanawiyah As'adiyah pada tahun 1997. Madrasah tersebut didirikan secara swadaya oleh para pengajar bersama para utusan tugas dari Pondok Pesantren As'adiyah Sengkang, Wajo, Sulawesi Selatan. Selama lebih dari satu dekade, madrasah ini menjadi pusat pendidikan Islam bagi masyarakat sekitar dan berperan penting dalam mencetak generasi yang berilmu dan berakhlak.
Namun, seiring berjalannya waktu, berbagai tantangan yang dihadapi menyebabkan proses pembelajaran dan pengelolaan madrasah belum dapat berjalan secara optimal sebagaimana lembaga pendidikan yang ideal. Melihat kondisi tersebut, para pengurus Yayasan As'adiyah Kersik bersama tokoh-tokoh masyarakat Desa Kersik bermusyawarah untuk mencari solusi terbaik demi keberlangsungan pendidikan Islam di daerah tersebut.
Dari hasil musyawarah tersebut lahirlah gagasan untuk mengembangkan Madrasah Tsanawiyah As'adiyah menjadi sebuah pondok pesantren yang lebih terpadu dan mampu menjawab kebutuhan pendidikan umat. Gagasan ini kemudian diwujudkan melalui pendirian Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair, dengan tetap mempertahankan dan mengembangkan pendidikan formal yang telah berjalan sebelumnya.
Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair didirikan dengan visi besar untuk mencetak generasi yang mencintai Al-Qur'an, mengamalkan nilai-nilai yang terkandung di dalamnya, serta menjadi duta-duta kebaikan yang menyebarkan manfaat, keselamatan, dan rahmat bagi masyarakat luas. Semangat inilah yang terus menjadi landasan dalam setiap program pendidikan dan pembinaan santri hingga saat ini.
Saat ini, Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair menyelenggarakan pendidikan pada dua lokasi. Unit pertama berlokasi di Desa Kersik, Kecamatan Marang Kayu, Kabupaten Kutai Kartanegara, yang menjadi pusat penyelenggaraan pendidikan tingkat Madrasah Tsanawiyah (MTs). Adapun unit kedua berlokasi di Desa Danau Redan, Kecamatan Teluk Pandan, Kabupaten Kutai Timur, yang menyelenggarakan pendidikan tingkat Madrasah Aliyah (MA) serta Program Tahfizhul Qur'an.
Dengan dukungan masyarakat, para pendidik, alumni, dan seluruh pemangku kepentingan, Pondok Pesantren Mus'ab bin Umair terus berkomitmen untuk menjadi lembaga pendidikan Islam yang unggul dalam pembinaan akhlak, penguasaan ilmu pengetahuan, serta pembentukan generasi Qur'ani yang siap berkontribusi bagi agama, bangsa, dan kemanusiaan.